Juan Carlos Flores comenzó su carrera como actor profesional en su México natal a la edad de 19 años. Trabajando para  Televisa, tenía  roles en  telenovelas como  Camaleones  (Camaleones)  y  Rafaela  que fueron transmitidos internacionalmente.

También le dieron el liderazgo en la primera película de Walt Disney Pictures.  mexicano  película  Elevado  Escuela Musical, El Desafío  (El desafío) . Interpretó al soldado Pérez en  Salvando al Soldado érez  (Salvando al Soldado Pérez) , uno de los más caros  mexicano  películas jamás realizadas.

Su característica reciente  La Cuarta Compañía  (La cuarta empresa)  transmitido en todo el mundo a través de Netlifx. La película fue una  Selección oficial del 28º Festival Internacional de Cine de Palm Springs y ganó un récord de diez premios Ariel, incluida la Mejor Película del Año en 2017. The 4th Company  es considerada una de las mejores películas mexicanas de la década.

Juan Carlos ha trabajado en la serie de Sony Entertainment  Los Simuladores  (Los pretendientes)  nominado  para un Emmy en 2010 como Mejor Comedia Extranjera. Ha trabajado para campañas impactantes a nivel nacional para McDonald's, Sprint, Toyota, AT&T, Cricket Wireless y más en TV, radio, medios digitales y sociales. Su experiencia de locución incluye Sesame Street, South Park, The Fairly  OddParents, el  Chica  Show, Californication, Sprint's Summer Campaign 2016 y AT&T's Spring Campaign 2018.

Como cantante, Juan Carlos ha actuado en cuatro discos que incluyen el musical Grease (México), las telenovelas Amy, la niña de la mochila azul y Chameleons; y el disco de banda sonora certificado de oro de High School Musical: The Challenge (México).

Durante varios años, Juan Carlos condujo el programa de radio semanal Senal TN, un programa de transmisión nacional para familias y niños patrocinado por Televisa Radio.